轻度和重度子宫内膜异位症均有较高的流产率，轻度子宫内膜异位症比重度子宫内膜异位症流产率更高。这是因为疾病早期有更多活跃的病变组织，更容易引起炎症反应，而重度的子宫内膜异位组织中瘢痕病灶较多。
子宫内膜在分泌期第一阶段，蜕膜细胞创造一个有利于着床的促炎微环境，随后是支持胚胎发育的抗炎反应。尽管胚胎种植过程中炎症反应是必不可少的，但慢性炎症确是月经失调、不孕不育及反复不良妊娠的重要原因。子宫内膜异位症患者孕激素受体亚型数量显著减少，使孕激素无法发挥正常作用，进而诱发孕激素撤退，引起内膜过早炎症反应，进而分泌期雌激素受体和活性过高。这种雌孕激素优势的变化促进了炎症反应发生在月经前，间质分化不足，抑制了子宫内膜重塑、血管生成及细胞增殖，从而导致子宫内膜对胚胎容受性降低，胚胎植入受限是子宫内膜异位症低妊娠率的重要原因之一。
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